A partir de finais de 1942 tornou-se evidente para as chefias da Luftwaffe que faltava por entre os interceptores então disponíveis uma arma capaz de combater a altas altitudes e de abater os bombardeiros aliados que começavam então a intensificar os seus ataques. A urgência da necessidade levou a que se tentassem poupar passos na investigação partindo da carcaça de um caça já bem conhecido e que tinha até então prestado boas provas, o Me 109. As alterações que o 109 sofreria passariam pelo aumento da área das asas e pela colocação de um motor especial para altas altitudes que estava então em desenvolvimento na Daimler Benz.
Esta nova versão do Me 109 juntar-se-ia às dezenas que este modelo conheceria durante a Guerra, recebendo a designação de Me 209H. Mas logo depois decidiu-se que para acelerar ainda mais o andamento do projecto deveria existir um projecto paralelo, desta feita usando os componentes básicos do Me 109G, este outro caça de alta altitude baseado no Me 109G receberia a denominação Me 109H. O protótipo Me 109H V49 foi então construído unicamente para testar a instalação dos motores para altas altitudes na carcaça do Me 109H. Após testes bem sucedidos com o Me 109H V49 decidiu-se prosseguir com o projecto Me 209. Seria então construído um protótipo que receberia a designação Me 209 V6, este avião voaria pela primeira vez, segundo Hithcok em Abril de 1944, segundo Nowarra em Maio de 1944. Mas apesar de todas as decisões tendentes a acelerar o andamento das investigações o projecto não avançou à velocidade esperada. Aliás uma das escolhas tomadas precisamente para acelerar o projecto contribuiu precisamente para o tornar obsoleto, a escolha de um caça que em 1942 se aproximava do seu ciclo útil de vida, o Me 109. Com efeito, quando o primeiro protótipo Me 209H (do qual se conhece apenas uma única fotografia) fez o seu vôo inaugural, em Junho de 1944 estava já ultrapassado pelos novos aviões a reacção testados na Messerchmitt e noutras fábricas.